中审华会计师事务所（特殊普通合伙）

关于对北京三元基因药业股份有限公司的 2025年年度报告的问询函之回复

北京证券交易所上市公司管理部：

贵单位于2026年6月2日出具的关于对北京三元基因药业股份有限公司的2025年年度报告的问询函（以下简称“年度报告的问询函”）已收悉。中审华会计师事务所（特殊普通合伙）（以下简称“年审会计师”）作为北京三元基因药业股份有限公司（以下简称公司）2025年度的年审会计师，对年度报告的问询函涉及到我们的相关问题逐项进行了核查，现回复如下，请予审核。

2、关于销售费用

2025年度，你公司销售费用13,393.21万元，同比增长 13.62%其中，市场推广费10,368.11万元，占销售费用 77.41%同比增长 22.13%。

请你公司：

(1) 列示市场推广费明细情况，包括但不限于核算内容、定价方式、相关支出的合理性，并说明公司市场推广费增幅高于营业收入增幅的原因，公司的销售费用率与行业平均水平是否存在重大差异；

(2) 列示市场推广费前十大支付对象的情况，包括但不限于定价依据与公允性、支付金额、合同执行情况等，并说明前十大支付对象本年是否有重大变化，如有，请说明原因及合理性；

(3) 说明市场推广费支付对象中是否为关联方或其他利益相关方，是否存在为他方垫付资金、承担费用的情况；

(4) 说明公司市场推广供应商审核、费用申请、审批内控流程以及相关单证是否完整，在市场推广过程中是否存在商业贿赂、虚开发票的情况。

请年审会计师并发说明对市场推广费实施的审计程序，获取的审计证据，

并对市场推广费是否真实、流向是否异常表明确意见。

【年审会计师回复】

（一）核查程序

1. 了解和评价公司与市场推广费的关键内部控制的设计和运行有效性，包括市场推广费的申请、审批流程；

1. 结合收入变动情况和两票制的实施，分析市场推广费的前后期间变化，分析变动合理性，分析市场推广费服务商的变动情况；

1. 对于销售费用中市场推广费，按重要性、变动情况选取样本，核对市场推广服务合同、会议资料、咨询报告、宣传资料、结算单、服务商发票、款项支付等支持性文件，检查会议费、咨询费、广告宣传费等主要市场推广费支出的真实性；

1. 抽样大额支付银行流水，核对收款主体与合同、发票开具主体一致性；针对合同、发票、付款三流合一核查。

1. 取得市场推广费的预算编制，分析其执行情况，结合市场推广费月度变动情况，检查有无超预算支出，分析其合理性；

1. 对市场推广商实施函证程序，函证情况如下：

单位：万元

项目

金额及比例

销售费用市场推广费金额$\textcircled{1}$

10,368.11

发函金额$\textcircled{2}$

8,319.25

发函金额占销售费用市场推广费比例$\textcircled{3}$=$\textcircled{2}$/$\textcircled{1}$

80.24%

回函金额$\textcircled{4}$

8,319.25

回函占发函比例$\textcircled{5}$=$\textcircled{4}$/$\textcircled{2}$

100.00%

回函占销售费用市场推广费金额比例$\textcircled{6}$=$\textcircled{4}$/$\textcircled{1}$

80.24%

替代抽查金额$\textcircled{7}$

-

替代抽查金额占销售费用市场推广费比例$\textcircled{8}$=$\textcircled{7}$/$\textcircled{1}$

-

核查比例（回函比例+替代比例）$\textcircled{9}$=$\textcircled{6}$+$\textcircled{8}$

80.24%

1. 抽取资产负债表日前后发生的市场推广费，实施截止性测试，确认市场推

广费完整性；

1. 结合市场推广费发生的地区，按地区分析市场推广费情况及其占该地区收入比例，分析其合理性，与行业平均水平是否存在重大差异？

1. 核查主要推广服务商相关工商信息，包括注册地址、成立时间、注册资本、公司经营范围、公司规模、股东等，检查有无异常情况；将推广服务商信息与公司关联方名单交叉比对，判断是否系公司关联方。

（二）核查意见

经核查，年审会计师认为：公司市场推广费具有真实性，流向未发现异常。

3、关于固定资产和在建工程

2025年末，你公司固定资产、在建工程的账面价值分别为44,435.50万元、 30,345.04万元，占总资产的比例分别为 36.49%、24.92%。其中，在建工程主要为基因工程药物智能化生产基地项目（以下简称“基地项目”），该项目预算金额为7.10亿元。

请你公司：

(1) 结合公司在研管线的预计商业化进展、销售规模等，说明公司固定资产及在建工程投资规模的合理性，是否与公司生产经营实际需求相匹配，实际建设情况与规划情况是否存在重大差异；

(2) 列示基地项目转固的转固时点、折旧年限及本期计提折旧金额，说明转固时点确定的依据及折旧政策是否合理；

(3) 列示生产基地项目的前五大支付对象、支付金额、交付情况，说明与公司的控股股东、实际控制人及董事和高级管理人员等是否存在关联关系或其他利益安排；

(4) 结合下游需求变化、产品售价趋势、产能利用率及当前毛利率水平，分析基地项目相关资产是否存在减值迹象。

请年审会计师结合固定资产、在建工程盘点核验、物流资金流核查情况等取得的关键审计证据，对公司在建工程真实性、准确性、所有权归属情况发表

明确意见。

【年审会计师回复】

（一）核查程序

1. 了解、评价和测试与固定资产、在建工程相关的关键内部控制制度，评价其设计是否合理，测试其执行是否有效；

1. 获取公司在建工程建设相关审批文件，检查项目建设合规性；

1. 经与被审计单位管理层进行沟通，获取固定资产、在建工程明细表，会计师项目组确定固定资产、在建工程监盘计划，包括监盘范围、时间、地点、参与人员等，按计划对固定资产、在建工程实施监盘程序，实地查看固定资产、在建工程的实物状态，观察其房屋形象进度和设备状态，进行拍照，关注是否存在提前或延期转固的情形；

1. 获取并复核公司的可行性研究报告，对可研报告编撰情况与相关人员进行访谈沟通，了解项目建设预算情况及实际投入情况，评估在建工程投入及进度的合理性；

1. 根据在建工程的合同台账和在建工程明细账，获取土建工程、重要设备、重要材料的合同协议，检查核对工程结算或者竣工报告，检查设备到货交接单、验收单等物流情况，核查在建工程会计核算正确性；

1. 根据在建工程的合同台账，检查银行付款凭证中收款单位、付款用途、付款时间等情况，并核对相关发票信息是否与付款凭证一致，核查资金流情况，核查在建工程账面价值的准确性；

1. 由于以前年度在建工程增加已经询证，我们对工程及设备等供应商当期发生额进行函证，函证情况如下：

单位：万元

项目

金额及比例

外部采购在建工程当期增加金额$\textcircled{1}$

400.71

发函金额$\textcircled{2}$

400.71

发函金额占在建工程当期增加额比例$\textcircled{3}$=$\textcircled{2}$/$\textcircled{1}$

100.00%

回函金额$\textcircled{4}$

400.71

回函占发函比例$\textcircled{5}$=$\textcircled{4}$/$\textcircled{2}$

100.00%

回函占外部采购在建工程当期增加金额比例$\textcircled{6}$=$\textcircled{4}$/$\textcircled{1}$

100.00%

1. 评价在建工程是否符合资本化条件，获取相关支出进行资本化的支持性文件并进行核对，对利息资本化金额进行重新计算，检查在建工程资利息本化金额的准确性；

1. 检查房屋建筑物、关键设备的验收文件、在建工程分项转入固定资产的相关文件，评价在建工程转入固定资产时点，是否符合企业会计准则和行业惯例要求；

1. 获取企业在建工程减值测试的相关资料，检查减值测试方法、关键参数、计算过程是否适当合理；

1. 获取在建项目承建方及主要设备供应商的投标文件，核查上述主体相关工商信息，包括注册地址、成立时间、注册资本、公司经营范围、公司规模、股东等，是否存在异常情况；将供应商主体信息与公司关联方名单交叉比对，判断是否系公司关联方；

1. 获取公司在建工程转固后获取的房产证情况，检查房屋归属是否存在异常；

1. 复核固定资产和在建工程在财务报表中的披露。

（二）核查意见

经核查，年审会计师认为：结合固定资产、在建工程盘点核验、物流资金流核查情况等取得的关键审计证据，公司在建工程具有真实性、准确性，所有权归属不存在异常情况。

4、关于研发支出

2025年度，你公司研发投入总额为3,492.55万元，同比下降 20.02%其中费用化支出为2,466.67万元，同比增长 14.37%；资本化支出为1,025.88万元，同比减少 53.57%。报告期末，公司研发人员总计49人，较期初减少1人。

请你公司：

(1) 列示各主要研发项目的名称、研发内容、投入金额、人员配置、当前进展阶段及预计完成时间，并说明费用化支出增加、资本化支出减少的原因，各项目是否存在因资金不足导致进展滞后的情形；

(2) 逐项列示研发投入资本化项目的名称、资本化金额、资本化起止时间及依据，对照企业会计准则说明各项目资本化时点判断的合理性，并结合开发支出减值测试过程说明开发支出减值准备计提是否充分；

(3) 结合研发人员数量及人员结构，说明研发人员是否充分满足现有多管线研发需求，是否存在研发人员同时参与生产、销售等非研发活动的情形，研发人员的薪酬费用归集是否准确。

请年审会计师对研发费用归集的准确性、资本化处理的合规性发表明确意见。

【年审会计师回复】

（一）核查程序

1. 了解和评估公司对研发支出（包括开发支出和研发费用）确认和计量相关的内部控制的设计与执行有效性；

1. 了解公司研发支出主要项目内容、费用支出范围、标准、审批程序；

1. 获取研发支出项目的立项报告，分析公司研发支出的预算执行情况，将项目投入金额与预算金额进行对比，验证不同项目的进度，分析研发进度与研发支出发生额是否具有匹配性，获取项目技术进度情况，判断是否存在开发支出没有及时转入无形资产的情形；

1. 获取公司研发支出项目台账，与报告期研发支出总分类账、明细账进行核对；

1. 对本期研发支出的费用结构波动情况进行分析，分析其原因及合理性；

1. 针对研发支出当期发生支出及费用归集实施核查程序：

(1) 对研发投入中的职工薪酬执行实质性分析程序，获取并审核公司研发人员清单及基本情况、学历和职称证书、人员工资表、个税申报表、研发人员考

勤记录和工时登记信息等资料信息，结合研发人员构成、研发人员稳定性、研发能力与研发项目的匹配性，审核人工支出的真实性，检查是否按照所属部门以及从事工作性质对研发人员进行界定，确保研发人员薪酬归集准确；

(2) 抽查公司研发活动中材料领用情况，检查材料领用的请示审批情况、材料出库单，分析领用材料与研发活动的相关性，审核材料支出的真实性，检查生产领料和研发领料是否明确区分，是否存在生产成本与研发费用混淆的情形；

(3) 针对临床前研究及临床试验的协作服务支出：

$ \textcircled{1} $抽样获取相关服务合同，结合研发工作进展、试验测试情况和合同条款，分析协作研发的必要性，复核合同执行进度合理性，审核协作服务支出的真实性、准确性；

$ \textcircled{2} $核查大额协作服务的主要供应商背景资料、工商信息，包括注册地址、成立时间、注册资本、公司经营范围、公司规模、股东等，关注是否与公司、控股股东、实际控制人以及董监高人员存在关联关系；

$ \textcircled{3} $对协作服务支出当期发生额的相关供应商实施函证；

研发费用协作服务支出函证情况如下：

单位：万元

项目

金额及比例

研发费用服务费金额$\textcircled{1}$

605.91

发函金额$\textcircled{2}$

481.06

发函金额占研发费用服务费比例$\textcircled{3}=\textcircled{2}/\textcircled{1}$

79.39%

回函金额$\textcircled{4}$

314.89

回函占发函比例$\textcircled{5}=\textcircled{4}/\textcircled{2}$

65.46%

回函占研发费用服务费金额比例$\textcircled{6}=\textcircled{4}/\textcircled{1}$

51.97%

替代抽查金额$\textcircled{7}$

166.17

替代抽查金额占研发费用服务费金额比例$\textcircled{8}=\textcircled{7}/\textcircled{1}$

27.43%

核查比例（回函比例+替代比例）$\textcircled{9}=\textcircled{6}+\textcircled{8}$

79.39%

开发支出中协作服务费的函证情况如下：

单位：万元

项目

金额及比例

开发支出服务费金额$\textcircled{1}$

93.86

发函金额$\textcircled{2}$

78.01

发函金额占开发支出服务费比例$\textcircled{3}=\textcircled{2}/\textcircled{1}$

83.12%

回函金额$\textcircled{4}$

73.00

回函占发函比例$\textcircled{5}=\textcircled{4}/\textcircled{2}$

93.57%

回函占开发支出服务费金额比例$\textcircled{6}=\textcircled{4}/\textcircled{1}$

77.78%

替代抽查金额$\textcircled{7}$

5.01

替代抽查金额占开发支出服务费金额比例$\textcircled{8}=\textcircled{7}/\textcircled{1}$

5.34%

核查比例（回函比例+替代比例）$\textcircled{9}=\textcircled{6}+\textcircled{8}$

83.12%

(5) 对于除临床前研究及临床试验的协作支出、人工成本、折旧与摊销等之外的其他研发投入，抽样检查支出审批、相关合同、费用支出发票、付款单据等支持性文件，关注是否存在非研发支出计入研发支出的情况；

(6) 结合检查预付款项期末余额明细，通过询问管理层，抽样测试合同期后实际结算情况，询问相关研发进展并检查项目进度报告，检查是否存在预付款项长期挂账没有结转计入研发支出的情况。

1. 抽样检查研发支出期后情况，对研发支出进行截止性测试，检查跨期研发支出会计核算的准确性；

1. 检查公司在研发支出核算中在不同研发项目之间分配。了解公司研发项目的费用分摊方法，检查公共费用和间接费用的归集分摊结果，验证包括人工费用、折旧摊销费用等费用分配的合理性；

1. 检查研发支出期未结转是否正确。

1. 了解管理层对研发支出资本化时点的判断，评估管理层制定的开发支出资本化时点、依据及开发支出转入无形资产的时点、依据是否符合企业会计准则和行业惯例的要求；

公司研发费资本化时点为一类新药，完成I期和Ⅱ期临床试验后获得初步的

安全性和有效性数据后，进入Ⅲ期临床试验作为支出资本化的时点。其他类别的，无需进行I期和Ⅱ期临床试验的药物，只进行一个阶段临床试验的项目，则进入该临床试验的开发支出即可资本化，依据是国家相关部门批准临床批件；开发支出转入无形资产的时点为公司取得国家药品监督管理局核准签发《药品注册证书》的时间，依据是《药品注册证书》，公司2025年度不存在开发支出转入无形资产的情况。经检查，公司研发费资本化会计政策符合企业会计准则和行业惯例。

1. 结合不同研发项目立项情况、费用预算执行情况、项目研发进度、相关临床试验批文、产品证书等情况，检查企业报告期是否执行公司开发支出相关公司会计政策。经检查，公司研发费资本化相关会计政策得到一贯执行。

（二）核查意见

经核查，年审会计师认为：公司研发费用归集具有准确性，资本化处理具有合规性。

7、关于长期股权投资及资金往来

2025年度，你公司对合营企业海南多原生物技术有限公司（下称“多原生物”）投资50万元，持股 20%；对联营企业北京珂芮珍生物技术有限公司（下称“珂芮珍”）投资25万元，持股 10%。报告期内，你公司按照权益法对前述投资计提投资损失75万元，期末长期股权投资余额为0。2025年度，你公司向关联方海南多原生物技术有限公司（下称“多原生物”）拆出资金300万元，借款期限为2025年7月23日至2026年7月22日，借款利率为 3%，期末该笔款项列示于其他应收款，计提坏账准备150,000万元。报告期后，你公司通过全资子公司海南三元医药以1,525万元对珂芮珍生物增资，将持股比例由 10%提升至 21.04%。

请你公司：

(1) 说明上述两项股权投资的背景、投资目的及定价依据，被投资单位的主营业务、核心业务及本期亏损的具体原因，公司对其施加重大影响的具体依

据（如派驻董事、参与经营决策等）；

(2) 结合被投资单位的持续经营能力、未来发展前景，说明相关长期股权投资是否存在减值迹象，本期全额确认投资损失的依据是否充分，会计处理是否符合《企业会计准则》的规定；

(3) 说明向海南多原生物技术有限公司拆出资金的背景、必要性及内部审批程序，借款利率与同期银行贷款利率及向非关联方拆出资金利率的对比情况，说明定价是否公允、截至目前该笔借款的回款情况，是否存在资金占用情形。

请年审会计师结合资金流水核查情对前述股权投资交易的真实性发表明确意见。

【年审会计师回复】

（一）核查程序

1. 查询被投资单位的工商信息资料，获取股东名称、注册资本、实收资本和投资占比、法定代表人、经理等公开信息；

1. 获取公司对外股权投资付款审批文件、银行流水、银行转账回单，核对资金付款对象、金额与投资协议约定一致；

序号

被投资单位名称

注册资本

出资比例

应出资金额

已出资金额

出资时间

款项性质

1

海南多原生物技术有限公司

250万元

20%

50万元

50万元

2025年4月14日

投资款

2

北京珂芮珍生物技术有限公司

250万元

10%

25万元

25万元

2025年11月4日

投资款

1. 获取被投资单位的会计报表等资料，核查投资款项已计入被投资单位实收资本，未发现投资资金原路返还情况；

1. 对投资相关人员实施访谈程序，了解被投资单位股权架构、出资流水、业务实质、资金往来、独立运营、决策流程等，分析投资是否具有商业实质，经分

析公司对被投资单位存在重大影响，公司对此项长期股权投资按权益法核算，符合企业会计准则；

1. 结合股权投资相关询证，获取被投资单位经营及研发资料，检查是否与投资协议一致，进一步验证投资真实性。

（二）核查意见

经核查，年审会计师认为：公司相关股权投资交易具有真实性。

8、关于其他权益工具投资

2025年末，你公司对北京佳德和细胞治疗技术有限公司（下称“佳德和”）投资期末余额为2,000万元，持有其 7.69%股权，将其指定为以公允价值计量且其变动计入其他综合收益的金融资产，本期未确认其公允价值变动。

请你公司结合标的存续期、持有目的等说明将对佳德和的股权投资计入其他权益工具投资是否符合《企业会计准则》，并说明对该投资公允价值的计算依据与过程，测算结果是否准确。

请年审会计师对其他权益工具投资会计确认是否符合《企业会计准则》发表明确意见。

【年审会计师回复】

（一）核查程序

1. 了解、评价管理层与其他权益工具投资相关内控设计及运行有效性；

1. 获取其他权益工具明细表，复核加计是否正确，并与总账数和明细账核对；

1. 查询被投资单位工商信息，获取投资协议等相关资料，了解公司持股比例与表决权情况，判断对被投资单位有无重大影响，核查对外投资分类正确性；

1. 对被投资单位实施函证程序，获取并审阅被投资单位财务资料，了解被投资单位财务状况及经营盈亏情况、融资情况，了解被投资单位的研发项目进展情况；

1. 了解公司针对此项投资公允价值确认依据，获取相关公允价值的评估报告，复核评估方法是否合理？样本单位选取是否相关？关键参数和信息数据是公开

可信？检查计算过程是否正确无误？检查结论是否可行？核查第三方评估机构是否具备证券服务资质；

1. 检查公允价值确认值与评估数据的差异，公允价值确认值是否合理？

评估公司评估结果为2153万元，企业账面投资为2000万元，差异为153万，差异率为 7.11%。企业考虑到评估中样本的差异性，出于谨慎性原则，公司确认公允价值为2000万元，确认公允价值变动为零；会计师评估认为公司对此项投资公允价值变动为零，符合企业会计准则相关规定。

1. 复核此项投资的会计处理与披露合规性。

（二）核查意见

经核查，年审会计师认为：公司其他权益工具投资会计确认符合《企业会计准则》。

中审华会计师事务所（特殊普通合伙）

中审会计师事务所（特殊普通合伙）

1201030336487

2026年6月9日